Ο Εργοθεραπευτής με ειδικά τεστ αξιολογεί τις ικανότητες του παιδιού, εντοπίζει τις δυσκολίες του και βάσει του ιατρικού του ιστορικού και σε συνεργασία με την επιστημονική ομάδα της ΣΠΕΕ διαμορφώνει το κατάλληλο πρόγραμμα για το παιδί. Επιπλέον, ενημερώνει τους γονείς για τις ασκήσεις που πρέπει να ακολουθούν στο σπίτι ή σε εξωτερικούς χώρους.
Τα εργοθεραπευτικά προγράμματα εφαρμόζονται στις τρεις ειδικά διαμορφωμένες αίθουσες της ΣΠΕΕ ανάλογα με τις δραστηριότητες που έχουν επιλεγεί και σύμφωνα με τη στοχοθεσία των θεραπευτών: στην
Αίθουσα Μηχανημάτων (για τα παιδιά χρησιμοποιείται κυρίως ο διάδρομος κίνησης), στη
Μεγάλη Αίθουσα της Εργοθεραπείας (με τις μπάλες, τα τούνελ, τα εμπόδια, τις κούνιες, τα στρώματα, το τραμπολίνο, τα τραπεζάκια συνεργασίας για γραφοκινητικές ασκήσεις κλπ) και στο
Πολυαισθητηριακό Δωμάτιο (με τις ειδικές κατασκευές με φώτα, ήχους και χρώματα και τη μέθοδο snoezelen).